孙恩自隆安三年399年做乱以来，历时四年，整个三吴地区被其祸害得民不聊生，去年败给刘裕后元气大伤。此次再败给辛景，数十万之众只剩下数千人。
孙恩心灰意冷，生怕被俘，投海自杀。他的门徒党羽，以及姬妾、舞女等人一同自杀有数百人之多。
残部尚余三千余人，推举孙恩的妹夫卢循为盟主。卢循，出身范阳涿县，东汉名儒卢植之后，后赵中书监卢谌曾孙。
范阳卢氏像弘农杨家一样，曾出仕胡族政权，过江又晚，建康士族不承认卢氏的士族地位，卢家只能在广陵安家，其后人卢嘏在州府任小吏。
卢嘏与其子卢循加入五斗米道，卢循娶孙恩之妹，成了教中的核心成员。孙恩赴海而死，卢循顺势接过了道首的位置。卢循假托孙恩借水蜕躯登仙，尊其为“水仙”，愚弄信众。
紧接着，卢循派人前往建康向朝庭表示归降。
桓玄看不起这伙作乱的变民，孙恩已死越发不足为患。桓玄最主要的目的是准备篡位，对他而言是联络士族门阀的感情，能尽快恢复三吴地区的秩序能提升他的声望。
于是桓玄任命卢循为永嘉太守，希望先行安抚住卢循。然而卢循对朝庭的任命并不满意，永嘉在临海之南，多山少田，经过孙恩祸乱后的永嘉郡根本就没有几个人。就任永嘉太守后，卢循并不安份，出兵劫掠相邻的东阳郡和临海郡。
桓玄见卢循如此桀骜不驯，派新投靠的抚军中兵参军刘裕率兵攻击卢循，卢循战败，退回永嘉。
屯驻姑孰后的桓玄告很快露出骄奢本性，搜刮珍宝，将宫中奇珍异宝抢至姑孰；纵情享乐，挥霍无度，让原本濒临崩溃的经济越加不堪重负。
桓玄离开建康，安排尚书令桓谦和丹阳尹卞范之负责朝政，桓谦是其堂兄，卞范之是其心腹兼好友，两人在忠诚上皆不用担心。桓玄让两人负责，有互相牵制之心，可是这样一来互相之间矛盾必然产生，政令无常，朋党互起。
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