抵达千秋亭今柯亭后，孙恩水军追上，箭如雨点般飞至。谢琰让亲兵拼死抵抗，不让船只靠岸，自己继续朝南跑。
帐下督张猛见败局已定，在谢琰身后挥刀砍马，战马惊痛立起，谢琰堕落于地。
张猛挥刀斩杀谢琰，谢琰身旁两子谢肇、谢峻上前救父，亦被张猛斩杀。
张猛提着谢琰的人头，高声呼道：“谢琰已死，愿降。”
北府军主将被杀，越无战心，在孙恩军的追逐下四散逃命，孙恩轻易便夺下了山阴城，会稽郡被孙恩占据。
此战，谢琰战死，两子亦死，谢琰三子只剩下在京中的驸马爷谢混了。前锋广武将军桓宝亦战死，北府军将士死伤近半。
得知山阴被夺、会稽沦陷的消息，吴兴太守庾恒惊恐万分，下令斩杀郡内数千五斗米教信徒，以防这些人响应孙恩。
孙恩并未北进，而是向东南进军，抢掠粮食、财物。
六月三日，朝庭收到北府军大败，谢琰及两子身死的消息，司马元显惊惶失措，以朝庭名义下旨让北府军冦军将军三品桓不才、辅国将军三品孙无终、宁朔将军四品高雅之各率军三千南下平灭孙恩。
天子下诏，琰父子陨于君亲，忠孝萃于一门，追赠谢琰为司空、侍中，谥号忠肃；追赠谢肇为散骑常侍；谢峻为散骑侍郎，停朝一日。
司马元显率文武大臣亲至谢府吊祭，极尽哀荣。谢混身着重孝，泪流不止，数次晕厥，咬牙切齿要报父兄之仇。
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